剧情概要

在未确认生命体4号（假面骑士空我）消灭未确认生命体（古朗基）两年后，虽然未确认生命体的威胁已经消失，和平的日子却无法长久地维持下去。

世界各地，再度出现人类离奇死亡案件，这次残杀人们的凶手，似乎是拥有人类所无法匹敌力量的神秘种族。

警方称之为——未知生命体（Unknown）。

与之前的未确认生命体视屠杀人类为游戏的行径不同，未知生命体都有选择地对超能力者下手，由于无法确认超能力者，一头雾水的警方完全不知道该如何应付。

津上翔一是一个失忆的开朗少年，被美杉教授带回家，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一起生活。

但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的变身英雄——假面骑士亚极陀。每当未知生命体现身残杀人类，他便会自动感应并变身成为谜之战士。

随着暗之力的复活，未知生命体杀人的频率越来越密集，亚极陀在不停的战斗中感应到自己的一步步进化。